Wenn Projekte und Pläne Auswirkungen auf FFH-Gebiete (Sites of Community Interest, SCI) haben können, ist gemäß Art. 6 der FFH-Richtlinie eine FFH-Verträglichkeitsprüfung vorzunehmen. Nach Darstellung des Schutzzwecks und der Erhaltungsziele des Gebietes kommt es zu einer Abschätzung der Wirkungen der geplanten Maßnahmen auf diese. Relevant sind dabei insbesondere mögliche Beeinträchtigungen des Erhaltungszustandes von Lebensraumtypen nach Anhang I FFH-RL oder Arten der Anhänge II und IV FFH-RL.
Sofern ein Schutzgebiet nach der Vogelschutz-Richtlinie (Special Protected Area, SPA) mit im Schutzzweck benannten Vogelarten betroffen sein kann, ist analog eine SPA-Verträglichkeitsprüfung vorzunehmen, die mögliche Wirkungen auf Vogelarten des Anhangs I der VSchRL untersucht.
Sollten Wechselwirkungen oder Summationseffekte mit anderen Plänen und Projekten möglich sein, werden auch diese in Hinblick auf ihre Auswirkungen auf das relevante Gebiet geprüft. Dies geschieht insbesondere im Hinblick auf die für das Natura 2000 Gebiet formulierten Entwicklungsziele.
Sind Folgen nicht auszuschließen, werden Alternativen und/oder Vermeidungs-, Minderungs- bzw. Ausgleichsmaßnahmen aufgezeigt.